El Tribunal Superior de Bogotá revocó el fallo de primera instancia que negaba las pretensiones de José Ismael Peña Reyes y ordenó al Consejo Superior Universitario (CSU) de la Universidad Nacional que, en un plazo de 48 horas, adopte las medidas necesarias para garantizar su ejercicio como rector en propiedad.
El alto tribunal determinó que el acta de su elección de marzo de 2024 mantiene plena vigencia jurídica y que la administración universitaria vulneró sus derechos fundamentales al impedirle asumir el cargo bajo la figura de una vacancia artificial.
La decisión, firmada por la magistrada ponente Luz Marina Ibáñez Hernández, resolvió la impugnación presentada por Peña Reyes contra la sentencia del Juzgado 46 Laboral del Circuito, que había avalado la postura de la universidad.
Para los magistrados de la Sala Tercera de Decisión Laboral, la negativa de la institución a posesionar a Peña, amparándose en resoluciones posteriores y encargos temporales, constituyó una violación directa al artículo 40 de la Constitución Política.
En su providencia, el Tribunal sentenció que “la decisión de no avanzar en el trámite para que el tutelante ejerza el cargo de Rector siendo elegido para ello, implica desconocer los efectos jurídicos de un acto propio vigente”.
El fallo desmontó la tesis del CSU, que había designado a Andrés Felipe Mora Cortés como rector encargado mediante la Resolución 132 del 24 de noviembre de 2025. La corporación judicial advirtió que dicha maniobra administrativa ignoró que el Acta 05 del 21 de marzo de 2024, mediante la cual se eligió a Peña, nunca fue anulada por la justicia contencioso-administrativa.
Lectura “inadecuada” de los fallos del Consejo de Estado
Uno de los puntos más críticos de la sentencia recayó sobre la interpretación que la Universidad Nacional dio a los pronunciamientos previos del Consejo de Estado. La institución educativa argumentó que, como el alto tribunal no había ordenado explícitamente el reintegro de Peña en su fallo del 4 de septiembre de 2025, existía una vacancia que debía suplirse.
Sin embargo, el Tribunal Superior calificó esa postura como errónea. Explicó que el Consejo de Estado se limitó a negar la nulidad de la elección de Peña, lo que ratificó su validez, y aclaró que no ordenó el reintegro simplemente porque esa no era la competencia del juez electoral en ese momento, no porque el acto careciera de fuerza.
Sobre este aspecto, la providencia dijo que “el Consejo Superior Universitario efectuó una lectura inadecuada del alcance del fallo del 4 de septiembre de 2025 (...). Esa precisión no significó desconocer la validez del Acta 05 del 21 de marzo de 2024, ni despojarla de efectos jurídicos”.
Además, el Tribunal recordó que el mismo Consejo de Estado anuló el 20 de noviembre de 2025 la elección de Leopoldo Múnera, quien había reemplazado inicialmente a Peña, dejando claro que el CSU carecía de competencia para modificar decisiones electorales ya tomadas.
El límite de la autonomía universitaria
La sentencia profundizó en el choque entre la capacidad de autoorganización de la universidad y el respeto al debido proceso. El fallo subrayó que, aunque la Constitución garantiza la autonomía universitaria, esta no faculta a los entes educativos para bloquear los efectos de una elección válida mediante actos administrativos posteriores.
Al respecto, la Sala Laboral enfatizó que “la autonomía no puede convertirse en un mecanismo para desplazar la presunción de legalidad de un acto que permanece vigente”.
El Tribunal también desestimó el argumento de que Peña debía acudir a un proceso ordinario de nulidad y restablecimiento del derecho, el cual podría tardar años. Los magistrados concluyeron que someter al rector electo a esa espera configuraría un “perjuicio irremediable”, dado que el periodo institucional 2024-2027 se está agotando y el daño al derecho a ejercer funciones públicas es actual y continuo.
El fallo revocó la sentencia de primera instancia y concedió el amparo constitucional, ordenando al CSU que, dentro de las 48 horas siguientes a la notificación, “adopte las medidas necesarias para hacer efectivo el ejercicio del cargo de Rector por parte del señor José Ismael Peña Reyes”.