Terminado el combate del Bajo Palacé, el gobernador español de la Provincia de Popayán  Miguel Tacón y Rosique, consternado vuelve a su campamento. Los patriotas le respiran en la nuca. Recoge todos sus papeles, pasa a Popayán y lleva a su esposa Ana Polonia García con sus hijos y los deja en el convento de Las Hermanas Carmelitas. Luego sale raudo rumbo a Pasto. Lo mismo hace el gobierno realista en pleno, que en precaución de lo que le pudiera ocurrir a sus familias deja también en los conventos, en custodia de las monjas y de los frailes, a sus esposas e hijos.

De las cárceles fueron liberados por los vencedores los presos fieles a las tesis patriotas, quienes habían sido recluidos cuando el gobernador Tacón tomó medidas coercitivas contra las Ciudades Confederadas del Valle del Cauca. Entre los liberados se encontraba el caleño Manuel Santiago Vallecilla, aquel que había sostenido constante correspondencia con Ignacio de Herrera y Vergara en Santafé, y con Joaquín de Cayzedo y Cuero en Cali, líderes de las doctrinas libertadoras que se habían originado en Quito. Cinco días después fue nombrado Gobernador de la Provincia de Popayán.

Para entender la operación logística que comenzó a partir de ese momento, hay que recrear la situación geográfica de Popayán con respecto de Cali y las ciudades confederadas del Valle del Cauca. Se ubicaba a una distancia de más de 250 kilómetros por camino de herradura desde Cali, la ciudad más cercana, y a 400 kilómetros de Cartago, la más distante, debido a las sinuosidades del terreno que presentaban un trazado diferente al que muestran las modernas autopistas de la actualidad. No existía el conjunto de poblaciones que hoy posee el valle geográfico del río Cauca y por tanto, el esfuerzo de manutención, dotación de armamento y asistencia social para un ejército permanente de más de mil doscientos hombres, debió ser de características heroicas. Esto explicó que luego de la toma de Popayán, pasaran dos meses para el traslado de la Junta Provisional de las Ciudades Confederadas desde Cali hasta Popayán. Allí se instaló con gran solemnidad el 21 de junio de 1811.

Cinco días después lo hizo también la Junta de Gobierno de la Provincia de Popayán. Esta última la componían los delegados de 8 ciudades: José María Cabal Barona, por Caloto; Joaquín de Cayzedo y Cuero, por Cali; Joaquín Fernández de Soto, por Buga; fray José Joaquín Escobar, por Toro; Felipe Antonio Mazuera, por Cartago; Antonio Camacho, por Anserma; Toribio Miguez Rodríguez, por Popayán; Manuel Santiago Vallecilla, por Iscuandé y José Antonio Arroyo, por Almaguer.

Se eligió a Joaquín de Cayzedo y Cuero como su presidente y a José María Cabal Barona como vicepresidente. Con toda solemnidad se tomaron los juramentos de rigor ratificando los emblemas y las enseñas que portarían los soldados como divisa, y los colores celeste y blanco a utilizar en la bandera; los mismos que posee la del departamento del Valle del Cauca en la actualidad.

Con el juramento se apersonaron de todas las atribuciones de Virrey, Capitán General, y de las audiencias requeridas en la región, y se obedecería a Fernando VII, siempre y cuando viniese a reinar en América, “sujeto a la Constitución” que se den los pueblos legítimamente congregados en representación nacional. Ese fue el primer ‘mico’ parlamentario en la historia colombiana.

Y como abrebocas, oh sorpresa, conocieron del robo del erario de la Provincia de Popayán  efectuado por Tacón y Rosique, quien cargó con 500 mil pesos en oro de la época antes de la batalla, que envió a Pasto y Barbacoas. Era el oro de la provincia y el situado fiscal de la corona española; nada menos.