Aunque el presidente Juan Manuel Santos trató de bajar la polémica sobre lo ocurrido y espera el pronto reinicio del proceso de paz, algunos analistas cuestionan el manejo que se le dio a la situación.

Con la intención de que se reanuden los diálogos de paz lo más pronto posible y ante las críticas que ha tenido el manejo de la situación del general Rubén Darío Alzate, el presidente Juan Manuel Santos afirmó este martes que este episodio ya se puede entender como superado. El Mandatario afirmó que cree en las explicaciones del oficial sobre las circunstancias de su secuestro y que no cree "que el caso del general haya dejado gravemente herida la mesa de negociaciones".Sin embargo, para algunos analistas este episodio está lejos de ser superado y su manejo demostró algunos errores en las decisiones del Jefe de Estado. Una de las principales críticas al tema es que, a pesar de las dudas que había sobre cómo ocurrió el plagio del general Alzate y los fallos en su seguridad, por lo que el Mandatario tenía derecho a exigir explicaciones, haya decidido hacerlo a través de una red social como Twitter.La senadora Claudia López lamentó "la manera como el Presidente manejó la situación. Le quedó grande ejercer como comandante en jefe de las Fuerzas Armadas. Cuando se conoció del secuestro pidió explicaciones por Twitter y cuando apareció el general, aunque él es su jefe y debió escucharlas inmediatamente y decidir si pedirle la baja, tuvo que volver a hacerlo públicamente". La utilización de esta red social también fue criticada por el exministro Carlos Holguín Sardi, quien afirmó que si bien el Presidente "hizo lo que tenía que hacer desde su posición, el error fue la forma y el medio utilizado". Agregó que de esta manera "dio la impresión de que estaba pidiéndole cuentas a las víctimas y no a los victimarios".Para Sardi, esto episodio contribuye a lo que los críticios del proceso de paz llaman desmoralizacion de las tropas, lo cual dice que es "un costo muy alto que han pagado las Fuerzas Militares en estos diálogos".Sin embargo, para Claudia López la "desmoralización" que se habla dentro del Ejército no se ve acentuada por el secuestro y las posteriores declaraciones del general Alzate, pues "los militares que critican el proceso van a tomar esto como una razón más y los que lo apoyan no van a dejar de hacerlo".Por su parte, el exasesor de paz Lazaro Vivero afirmó que lo ocurrido con el general Alzate "demuestra que el proceso en La Habana todavía es frágil y que cualquier actitud podría terminarlo". El analista explicó que aunque la paz es un deseo de los colombianos, es difícil que la sociedad resista que los diálogos se extiendan en el tiempo. Esa suspensión de los diálogos también fue criticada por la senadora López, quien dijo que este secuestro "le quitó tres semanas al proceso de paz", por lo que hay que reanudar los diálogos lo más pronto posible en las mismas condiciones en que se venían desarrollando y "exigir que lleguen a un acuerdo en el 2015".En lo que coincidieron los analistas es que difícilmente el tema del secuestro del general Alzate será superado, como lo sentenció el presidente Santos. Para Iván Cepeda, lo que sigue en el proceso de paz es "la discusión del desescalamiento del conflicto armado", tema que volvió a tomar relevancia tras el plagio del oficial, pues mientras la guerrilla pedía un cese bilateral, varios sectores en Colombia rechazaron la idea pero retomaron la tesis de "humanizar" el conflicto. Sardi, por su parte, indicó que tras lo ocurrido con Alzate "alguien salió fortalecido y alguien golpeado y se debe tener en cuenta es cómo se van a comportar de aquí en adelante. Lo del oficial va a tener y debe tener repercusiones, tanto en La Habana como internamente"López afirmó que es la censura desde la que el Gobierno manejó la situación lo que no va a permitir que sea superada fácilmente. "Hay información no revelada, el Gobierno manejó esto con un grado de censura. No sé quién manoseó más al pobre general, si el Gobierno o las Farc", cuestionó.