Desde su creación, uno de los pilares fundamentales de la Fundación Valle del Lili ha sido la educación y la docencia, que actualmente está representado en su Hospital Universitario, el único en el suroccidente colombiano que cuenta con acreditación del Ministerio de Salud y Protección Social, así como del Ministerio de Educación Nacional. Este reconocimiento marca la diferencia en la calidad de la enseñanza de medicina en la región, demostrando el liderazgo educativo de la Fundación Valle del Lili, puesto que en Colombia, entre más de 700 escenarios de prácticas médicas que existen, esta es una de las 16 instituciones prestadoras de servicios de salud que han recibido acreditación como Hospital Universitario.